谱柱的温度上限会造成固定相和管表面的加速损坏。这样会造成气相色谱仪色谱柱的过分流失，活性组分形成拖尾，以及/或降低柱效（分离度）。幸好气相色谱仪色谱柱热损坏是一个很慢的过程，因此，在气相色谱仪色谱柱严重损坏之前还有一段很长的时间可在高于温度极限的条件下使用。
当有氧存在时会大大加速热损坏。对有泄漏或载气中氧含量较高的色谱柱进行过度加热可快速并地损坏该柱。
将GC 的柱温箱温度设定为色谱柱温度极限或稍高于该温度极限是防止热损坏的方法。这样可避免色谱柱意外的过热。即使色谱柱受到热损坏，仍然可使用。把色谱柱从检测器上卸下来。在色谱柱的恒温温度极限下，将其加热8-16 小时。把色谱柱接到检测器的一端截去10-15 cm。
按正常情况安装色谱柱并进行老化。色谱柱将不能恢复到原来的性能，但仍可使用。在热损坏之后色谱柱的寿命会缩短。
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