1、样本间交叉污染
主要是在采（取）样的过程中，由于取样工具之间的交叉造成污染；或者在核酸提取的过程中，由于移液器、离心管等使用不当导致的污染。
2、PCR试剂污染
主要是在 PCR 组分试剂加样过程中，由于移液器、容器、阴性对照及其它试剂被核酸模板或阳性对照污染。
3、PCR扩增产物污染
这是 PCR 反应中*主要*常见的污染问题。因为 PCR 产物拷贝量大，远远高于 PCR 检测数个拷贝的极限，所以极微量的 PCR 产物污染，就可形成假阳性。
还有一种容易被忽视的污染，是能造成PCR产物污染形式的气溶胶污染，而气溶胶造成的污染是一个值得特别重视的问题。
4、克隆质粒污染
在实验操作中会经常用到阳性参考品，这些参考品大多数是由某些克隆质粒制作而成的，质粒在单位容积内浓度高，不小心使用极易造成污染。
