PCR反应三个基本步骤：
*步，DNA变性（90℃-96℃）
双链DNA在高温作用下，氢键断裂，形成单链DNA。
第二步，退火（60℃-65℃）
温度降低，引物与DNA模板结合，形成局部双链。
第三步，延伸（70℃-75℃）
在Taq酶的作用下，以dNTP为原料，从引物的3′端开始以从5′到3′端的方向延伸，合成与模板互补的DNA链。
每一循环经过变性、退火和延伸，DNA含量即增加一倍。
PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成：模板DNA的变性模板DNA经加 热至93℃左右一定时间后，使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离，使之成为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备；模板DNA与引 物的退火(复性)模板DNA经加热变性成单链后，温度降至55℃左右，引物与模板DNA单链的互补序列配对结合；引物的延伸DNA模板--引物结合物在TaqDNA聚合酶的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板DNA 链互补的半保留复制链，重复循环变性--退火--延伸三过程，就可获得更多的“半保留复制链"，而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需 2～4分钟，2～3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。到达平台期(Plateau)所需循环次数取决于样品中模板的拷贝。PCR的反应动力学 PCR的三个反应步骤反复进行，使DNA扩增量呈指数上升。反应*终的DNA 扩增量可用Y=(1+X)n计算。Y代表DNA 段扩增后的拷贝数，X表示平(Y)均每次的扩增效率，n代表循环次数。平均扩增效率的理论值为*， 但在实际反应中平均效率达不到理论值。反应初期，靶序列DNA 段的增加呈指数形式，随着PCR产物的逐渐积累，被扩增的DNA 段不再呈指数增加，而进 入线性增长期或静止期，即出现“停滞效应"，这种效应称平台期数、PCR扩增效率及DNA聚合酶PCR的种类和活性及非特异性产物的竞争等因素。大多数情况下，平台期的到来是不可避免的。
