倒置显微镜中常用的观察方法就是相差。由于这种方法不要求染色，是观察活细胞和微生物的理想方法，并可提供带有自然背景色的、高对比度的、高清晰度的图像。
开机
连接电源，打开镜体下端的电控开关。
使用
（1）准备：将待观察对象置于载物台上。旋转三孔转换器，选择较小的物镜。观察，并调节铰链式双目目镜，舒适为宜。
（2）调节光源：推拉调节镜体下端的亮度调节器至适宜。通过调节聚光镜下面的光栅来调节光源的大小。
（3）调节像距：转三孔转换器，选择合适倍数的物镜；更换并选择合适的目镜；同时调节升降，以消除或减小图像周围的光晕，提高了图像的衬度。
（4）观察：通过目镜进行观察结果；调整载物台，选择观察视野。
关机
取下观察对象，推拉光源亮度调节器至暗。关闭镜体下端的开关，并断开电源。旋转三孔转换器，使物镜镜片置于载物台下侧，防止灰尘的沉降。
日常维护及注意事项
1、所有镜头表面必须保持清洁，落在镜头表面的灰尘，可用吸耳球吹去，也可用软毛刷轻轻的掸掉。
2、当镜头表面沾有油污或指纹时，可用脱脂棉蘸少许无水乙醇和乙醚的混合液（3:7）轻轻擦拭。
3、不能用有机溶液清擦其它部件表面，特别是塑料零件，可用软布蘸少量中性洗涤剂清擦。
4、在任何情况下操作人员不能用棉团、干布块或干镜头纸擦试镜头表面，否则会刮伤镜头表面，严重损坏镜头，也不要用水擦试镜头，这样会在镜头表面残留一些水迹，因而可能滋生霉菌，严重损坏显微镜。
5、仪器工作的间歇期间，为了防止灰尘进入镜筒或透镜表面，可将目镜留在镜筒上，或盖上防尘塞，或用防尘罩将仪器罩住。
6、微镜尽可能不移动，若需移动应轻拿轻放，避免碰撞。
7、不允许随意拆卸仪器，特别是中间光学系统或重要的机械部件，以免降低仪器的使用性能。
