生物安全柜能够阻止工作中所产生的气溶胶对外环境或者操作者本身产生危害，还可以减少样本之间由于气溶胶产生的交叉污染。
在使用生物安全柜时必须穿个人防护服，戴手套（手套应套在隔离衣的外面），好带口罩和帽子，根据需要带防护眼罩或者面罩。
双臂垂直缓慢进入前面的开口，在生物安全柜中等待大约一分钟，以使安全柜调整完毕后才可对物品进行处理。所有操作应在离前窗10cm以外的工作区进行。废弃物应丢弃在生物安全柜内的处理容器中。避免胳膊在前开口处快速移动和频繁进出。尽量避免污染的物品进入洁净区。在生物安全柜内进行操作时，不能进行文字工作。尽量减少操作者身后的人员活动。
滴状溢出或体积不足1 mL 的，可简单地用消毒剂擦洗。大量溢出，则要做特殊的处理：
1、 使生物安全柜保持开启状态。
2、 在溢出物上覆盖浸有消毒剂的吸水材料，作用大约10分钟以发挥消毒作用。
3、 在安全柜内对污染的手套消毒后，脱下手套。如果衣服已经污染，也要先脱下消毒。穿戴干净的手套和衣服作如下进一步的清洁工作。
4、 用消毒剂喷洒或擦拭安全柜内壁、工作表面以及前视窗的内侧。作用20 min后，擦干消毒剂并将擦拭物置于生物危害袋中。
5、 如果溢出情况需要浸泡接液槽，则不得现场清理接液槽。应报告实验室主管后采用适当的气体消毒方式。
6、 将所有清理用物品以及防护服进行高压消毒。用消毒肥皂和水洗手和暴露皮肤。
7、 立即通知实验室主管。如果溢出物流入安全柜内，可能需要对安全柜进行更为广泛的消毒处理。
国产二级B2型BSC-1500IIB2-X生物安全柜、BSC-1100ⅡA2-X国产二级A2型生物安全柜、国产HFsafe-900二级A2型生物安全柜
