不论何种计算机，它们都是由硬件和软件所组成，两者是不可分割的。人们把没有安装任何软件的计算机称为裸机。凝胶成像分析系统也不例外，硬件设备再好，如果不配上好的软件，也无法发挥它应有的功能。作为凝胶成像系统软件功能和用途都基本相似，这里我们介绍一下关注的几个特点：
A、软件的基本功能：可对不同样品，如条带，斑点，细菌克隆，芯片，细胞或者活体动物等，进行定性、定量分析，加批注，输出图像等操作。B、图像采集方式：对于化学发光或多色荧光产品，软件应具备电影模式，可以进行图像多祯累计功能来增强线性动态范围和数据准确度。C、操作简便，软件应具备操作辅助工具，使软件操作更简单易用。好采用三步式泳道及条带分析可以快速计算蛋白质和核酸的分子量及含量。D、数据库功能也是必不可少的，这样可以检索、分类或比较所有生成的图像。可利用不同的显示算法程序图像化显示条带差异。E、曝光方式：应采用单一曝光、多重曝光，累计曝光，延时（定时）曝光多种模式可选。F、记忆功能：软件能记忆并自动调用成像数据，这样你不用每次设置就能获得重复性好的结果。G、软件应配备两套以上，使用单机版，多用户版或网络版，用户可彼此独立操作，互不干扰，互不混淆。
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