荧光显微镜是免疫荧光细胞化学的基本工具。它是由光源、滤板系统和光学系统等主要部件组成。是利用一定波长的光激发标本发射荧光，通过物镜和目镜系统放大以观察标本的荧光图像。荧光显微镜以紫外线为光源，用以照射被检测物体，使之发出荧光，然后在显微镜下观察物体的形状及其所在位置。荧光显微镜用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等。细胞内有些物质，如叶绿素等，受紫外线照射后可发荧光；另有一些物质本身虽然不发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色后，经紫外线照射亦可发荧光。
荧光显微镜与普通显微镜的区别主要有以下三点：
1.照明方式通常为落射式，即光源通过物镜投射于样品上；
2.光源为紫外光，波长较短，分辨力高于普通显微镜；
3.有两个特殊的滤光片，光源前的用以滤除可见光，目镜和物镜之间的用于滤除紫外线，用以保护人目。
荧光显微镜也是光学显微镜的一种，主要的区别是二者的激发波长不同。由此决定了荧光显微镜与普通光学显微镜结构和使用方法上的不同。
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