玷污会影响热电偶的塞贝克系数。热电偶偶丝材料往往受到环境气氛或保护管杂质玷污，不同程度的玷污所产生的附加电势也不同，这种附加电势将改变原来的分度特性，这是造成热电偶示值不稳定的一个因素。例如，铂铑10-铂热电偶，当使用的陶瓷管中含有铁的杂质，铂铑丝受铁玷污后，就影响其热电特性；当在含硅的高温还原性气氛中使用时，由于硅被还原成自由硅而与铂铑丝化合成为铂硅化合物，使偶丝变脆。标准热电偶所用的绝缘瓷管都要求用王水清洗，高温烘烤并规定正、负极的穿孔极性。若在常用的管中把热电极的正、负极穿错，原穿铂铑孔中的铂，会向铂极渗透而改变标准热电偶的热电特性。上述种种情况都会影响热电偶的稳定性。
剧烈的弯曲或其他任何类型的加工硬化在热电偶丝中形成的内应力可能产生物理上的不均匀性，细心操作可以避免大部分由此引起的不均匀性。装配好的热电偶经过适当的退火也可在某种程度上减少这种不均匀性。
