为满足实验室所使用的高端分析仪器用水需求，一个典型的纯水系统应该包括以下四个部分：1)纯水制备系统2)纯水储存系统3)纯水分配系统4)纯水系统
纯水制备系统
纯水制备系统以自来水作为进水，低温生化培养箱制备足量符合实验室所需特定水质的纯水，是实验室整体纯水系统的起点。实验室每天纯水的用量有可能从几升到几千升不等。在设计之处首先应该考虑的是：确定每个用户和每台仪器每天的用水量和所需纯水的水质，以及用水规律。而后纯水设计部门便可以据此计算出整个实验室每天的用水量以及高峰用水量。
实验室所需的纯水水质也可能各不相同。有可能是常用的二级水(分析级)，也有可能三级水(实验级)或者是满足特殊应用需求的一级水(纯水)。纯水的制备也可以采用多种纯化技术，例如反渗透、离子交换、连续电去离子技术、蒸馏。许多国际标准组织(ASTMNCCLSCAPUSP)所颁布的纯水水质标准和指南将帮助我们确定适当的水质。
纯水控制系统对于整个系统的操作、维护以及运行非常重要。因此纯水制备系统的显示面板所显示的信息应该简单明了，同时控制面板的操作也应该简易快捷。同时为了保证纯水制备系统的正常运行和产水水质，不仅要监控产水水质，电热恒温培养箱同时也应该对进水水质进行监控(自来水水质)。后还应考虑整个纯水制备系统所占用的空间以及系统运行成本。
储存系统在每日高峰用水之间可以起到缓冲的作用，使得纯水制备系统有足够的时间生产出实验室每日所需的纯水。同时纯水储存水箱必须能够保证纯水的水质稳定免受污染。水箱的材料和诸多设计细节都会影响到水箱所存储纯水的水质。这些设计细节包括：封闭式设计、锥形底、呼吸器、呼吸器中滤芯的选择和卫生溢流口。例如，不合适的呼吸器或滤芯会导致空气中的污染物进入水箱，从而降低水箱中纯水的水质。
