GS FLX+系统连续创新，基于同样的机器，相同的化学反应，推出新的v2.8软件，带来更的测序表现。目前基于软件的优化可达到稳定的高质量，更长读长的Shotgun测序结果。
更长的读长更易于检测复杂基因组的全新变异，可对基因组、转录组和宏基因组学研究中一些测序困难的区域进行分析。
除了更长读长的表现，v2.8在GS Reference Mapper软件中增加了对多样本结果分离的功能，以及SNP检测效果上的提升。在GS Amplicon Variant Analyzer软件中增加了对单碱基插入缺失的自动查找，提供更加简便的Amplicon测序分析流程的构建。
许多升级至v2.8的用户都表示，v2.8的软件能带来读长上约200bp的提升，体测序量上约20%的增加，454测序的长读长在全基因组denovo拼接、cDNA拼接和可变剪切的检测方面都有表现。
