恒远结：关于微量蛋白质组学分析
在过去十年，蛋白质组学有了很大的发展。随着更高灵敏度、更高分辨率质谱仪的开发，蛋白的抽提、纯化和鉴定有了突飞猛进。此外，比较和定量蛋白质组学技术也在不断成熟，不再局限于利用基因组学技术评估基因表达的差异。
然而，与基因组不同，某一生物体的所有细胞都是相似的，而蛋白质组却在不同细胞中差异很大。而且，对于蛋白质，还没有类似PCR的扩增机制被开发出。因此，科学家们也在不断地开发方法，从极少量的样品中抽提、分离并检测蛋白。
在这一期的《冷泉港实验方案》(Cold Spring Harbor Protocols)上，杜克大学的Erich Jarvis及其同事介绍了一种微量蛋白质组学(microproteomics)的方法，对激光捕获的少量细胞进行定量蛋白质组图谱分析。
过去，蛋白质组学的研究对象一般是数万个细胞，而Jarvis的这种方法能够对低至1000个细胞进行分析。他们利用纳米级的液相色谱串联质谱(nano-LC-MS/MS)，能同时鉴定并定量少量组织样品中的数百个蛋白。将LCM切割的组织进行蛋白抽提、还原、烷基化和消化，接着注射到nano-LC-MS/MS系统进行色谱分离和蛋白鉴定。
此方法包含多个步骤，包括通过LCM进行组织分离、蛋白抽提和消化、蛋白定量、蛋白鉴定和生物学验证
(图片来自原文)
研究人员使用这种方法，筛选了来自鸣禽的两类脑干运动核的蛋白质组学差异。他们利用纳米级毛细管LC/MS/MS对肽段消化物进行了分析。分析类型的选择也有很大差异，这取决于已有的硬件和分析工具。他们建议使用高分辨率、高质量准确性的质谱仪，如四级杆或Orbitrap仪器。这些系统能产生高度灵敏的分析，蛋白假阳性率低，并实现准确的样品间定量。
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