高效液相色谱仪化学键合固定相是将有机官能团通过化学反应共价键合到硅胶表面的游离羟基上而形成的固定相，其突出特点是耐溶剂冲洗，可以通过改变键合相有机官能团的类型来改变分离选择性。
一、分离中等极性和极性较强的化合物，可选择极性键合相。
氰基键合相对双键异构体或含双键数不等的环状化合物的分离有较好的选择性。
氨基键合相具有较强的氢键结合能力，对某些多官能团化合物如甾体和强心甙等有较好的分离能力。氨基键合相上的氨基能与糖类分子中的羟基产生选择性相互作用，被广泛用于糖类的分离，但不能用于羰基化合物如甾酮和还原糖等分离，因为它们之间会发生反应生成Schiff碱。
二醇基键合相适用于有机酸、甾体和蛋白质的分离。
二、分离非极性和极性较弱的化合物，可选择非极性键合相。
利用特殊的反相色谱技术如反相离子抑制和反相离子对色谱等，非极性键合相也可以分离离子型或可离子化的化合物。
C18色谱柱是应用为广泛的非极性键合相，对各种类型的化合物都有很强的适应能力。
短链烷基键合相适用于极性化合物的分离。
苯基键合相适用于芳香化合物的分离。
