选择顶空气体分析仪时需要注意以下因素：
1. 检测气体的种类。当前所有的顶空气体分析仪都能进行氧气含量的检测，但并非所有的设备都能检测二氧化碳的含量。通过氧含量可以分析出产品当前的质量情况，但是无法判断该产品未来的保质效果。因此，尽可能扩大可测气体的种类是提高保质期预期准确性的一个有效方法。
2. 样气的体积。我们知道，随着包装小型化趋势的发展，越来越多的独立小包装层出不穷，相应地包装内气体体积大大缩小。然而顶空气体分析仪的探测器必须吸收足够数量的测试气体才能进行检测，而且如果使用探针取样，则探针的内容积以及连接设备的软管体积也需要被考虑在内。测试气体体积需求量大是传统手持式顶空气体分析仪的一个主要缺点，但是台式设备可以通过直接进样的方式来解决这个问题。
3. 系统响应时间。所有的顶空气体分析仪都采用同样的方式进行探针刺入处的密封，但是实际上在探针刺入之始周围细小的泄漏也开始了，泄漏会“污染”包装内的测试气体，因此系统响应时间的长短对测试效果会有一定的影响。
4. 传感器使用寿命。一般来讲，顶空气体分析仪的气体传感器始终处于测试气体浓度下，受传感器的测试原理以及气体含量的影响，传感器是有使用寿命的，而且无法延长，届时只能更换传感器，所以在选择设备时也应注意传感器的使用寿命。
5. 设备的便携性以及数据输出的方便性。如今，为了更好地检测产品的实际质量，测试过程很可能不是在实验室里完成的，则产品的便携性在这里就体现出来了，便携性好的设备可以随检测人员在仓库、卖场、运输途中、甚至是产品使用之前进行检测，但是便携性差的设备只能在实验室中使用，在测试效率上也会有所降低。不过，目前便携式顶空气体分析仪多不具备测试结果的即时打印功能，尽管测试数据可以保存在设备中，但是如果检测量很大的话还是容易引起混乱。
