在刑事或环境法证调查和分析中常用的仪器包括扫描电镜和光学显微镜。这些工具用于表征法医证据，例如织物，金属，纺织品或玻璃。显微成像还可以用于分析血液，头发种类分类，颗粒分析或从残留物（例如沙子，泥浆和硅藻）中识别划痕和凹痕。
1. 头发和纤维
头发和纤维是刑侦学中常见的痕量物证。使用光学显微镜技术可以确定纤维类型。使用扫描电镜（SEM）可以将人的头发与动物的毛发区分开。此外，高倍放大人发图像可以显示犯罪嫌疑人的种族和其他细节，例如头发是否经过化学处理。
人类毛发的彩色 SEM 图
通过扫描电镜（SEM）成像棉纤维，虽然无法提供纤维的定量特性，但由于无损，可用于定性比较。
棉纤维的彩色 SEM 图像
2. 颗粒物
颗粒分析可以应用于刑事或环境取证。土壤，灰尘等颗粒通常与特定的地点相关联。
从嫌疑犯的鞋子中收集泥土，并用扫描电镜（SEM）进行分析。这些样品中发现的矿物，沙子等结构和成分可以揭示犯罪嫌疑人是否出在犯罪现场附近。下图是含铜矿物质的硅孔雀石的彩色 SEM 图像。
含有矿物质颗粒样品的 SEM 图像
3. 油漆检测
在汽车肇事案发现场或事故中经常可以发现油漆碎片剥落，经分析可以确定所涉车辆的颜色，和型号。汽车通常涂有四到五层底漆，彩色漆和透明涂层，这些均可以通过 EDS 能谱鉴定得到。汽车制造商对不同车型会使用不同的的油漆层组合。可以将分析后的样品与可疑车辆进行比较，或在已有的数据库中进行搜索，从而确定车辆。
汽车漆片分析
4. 植物/花粉
在犯罪现场发现的种子，花粉和树叶可供刑侦人员确定可能发生犯罪的地点或犯罪嫌疑人和受害者所在的地方。由于花粉和种子是在特定时间产生的，因此，这类证物还可以用于确定案发时间。同理，在水中发现的硅藻也可以用于查明犯罪的地方。
玉米花粉 SEM 图
5. 昆虫
昆虫也可以帮助确定死亡的时间和原因。每种蝇，甲虫和其他可分解的昆虫往往在死亡后的不同时间产卵。通过识别体内的幼虫并考量环境条件，例如温度和暴露，研究人员可以估算受害者死亡的时间。另外，还可以对昆虫和幼虫进行分析，以确定此案是否涉及毒药，*或其他毒素。
蚂蚁腿部的 SEM 图像
