食品辐照残留分析仪有两种操作模式可以选择：
食品辐照残留分析仪筛查模式——根据设定好的阈值及时间参数，将样品放入样品室后只需轻轻按一下测试按钮，15秒即可给出结果。筛查模式无需连接电脑。非常适合对常规样品的例行快速检测。
食品辐照残留分析仪与电脑连接使用——当与电脑连接使用时，可以通过软件自定义测量参数(例如测量时间、阈值标准和数据记录条件等等)，可以获得样品具体的光子计数，可以测定暗计数(无光刺激时样品室的光子计数率)、空室计数(吴样品时的计数率，以了解样品室是否污染)，以及光电倍增管灵敏度测试等等。并可以对筛查结果不确定的样品进行校正PSL测定等等。
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