RNA 测序需要高质的RNA 作为起始材料，但是，RNA 属于易降解的生物分子，储存温度、冻融操作、提取方法以及广泛存在的 RNA 酶都会影响 RNA 的完整性，这使得对起始 RNA 样本的质量控制成为了高灵敏度下游应用之前的关键步骤。根据*发布的国标 GB/T 40664-2021《用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求》指示，RNA 完整性可通过生物分析仪系统提供的 RNA 完整值 (RIN) 以及其他自动化电泳仪器开发的等效质量指标来评估。TapeStation 系统的RNA 完整值当量 (RINe) [1]，或片段分析仪和 Femto Pulse 系统的 RNA 质量值 (RQN) [2]均是衡量RNA完整性的理想工具。每个 RNA 质量指标均考虑了 RNA 样品的整个电泳分离过程，包括核糖体片段的比例以及是否存在降解产物。
对于其它应用，研究者可能会自行研究以建立样品质量标准，并用于工作流程。例如，Haller 等[3] 使用多种方法评估了几种 RNA 样品，将样品分类为“通过” 或“失败”，以表明样品是否能够用于下游微阵列芯片和 qRT-PCR 实验。在这些分析方法中，RIN 考虑了两个核糖体条带信号强度的降低，以及在两个峰之间和 18S 条带以下短片段数量的增加。采用 RIN 评分可在不受人为因素影响的可靠自动化流程中，用为实现 RNA 质量控制标准化的工具。该研究中每个“通过” 等级的样品 RIN 均不低于 6.6，平均值为 7.5（参见文献）[3]。随着 NGS 技术的发展，较高的 RIN 通过值也被用以确保*的文库制备和测序结果。
