虽然微通道流动化学技术在许多化学反应中表现*，但并非所有化学反应都适合在微通道反应器,%3csvg width='12' height='12' viewBox='0 0 12 12' fill='none'
反应速度受扩散限制的液液多相反应：
这类反应虽然反应本身速度快，但由于底物在液相间扩散的限制，整体反应速度偏慢。在微通道反应器中，尽管扩散距离减小，但如果反应速率主要受扩散控制，整体反应效率仍然不高。
剧烈且强放热的反应：
这类反应如硝化、重氮化等，虽然反应速度快，但为了控制体系温度，通常需要缓慢添加试剂。如果微通道反应器的传热能力不足以应对快速放热，可能导致反应失控。
需要严格控制反应器内部流型的反应：
例如纳米颗粒的合成，这类反应依赖于微通道内部的流动规律性来制备颗粒分布窄的材料。如果反应条件不适合微通道内部的流动特性，可能无法获得理想的产品。
气液反应：
部分气液反应虽然从机理上可以采用微通道反应器，但目前缺乏适合大规模工业应用的气液反应器结构。加氢反应就是一个例子，其中氢气向液相的扩散限制了整体反应速率。
含有大量固体或大颗粒的反应：
微通道反应器易于堵塞，因此含有非均相催化剂或容易生成较大颗粒的反应体系不适宜采用微通道反应器。
反应过程中容易产生难溶性沉淀物的反应：
如叔丁基锂类反应，这些反应在微通道中进行可能会导致堵塞，限制了反应的进行。
反应器内部物料冻结的反应：
任何可能导致水结冰或其他溶剂冻结的反应都不适合在微通道反应器中进行，以防止堵塞和损坏设备。
放大效应和工艺流程适配性问题：
微通道反应器的放大可能会遇到监测和控制复杂性增加的问题，导致运行成本上升。此外，微通道反应器的通量可能不适合某些工艺流程，需要额外的设备或调整。
腐蚀问题：
微通道反应器的通道尺寸小，对腐蚀的抵抗力要求较高，否则可能会影响反应器的性能和安全性。
这些限制提示工程师和化学家在选择微通道流动化学反应时需要仔细考虑反应的具体条件和反应器的设计特点。
