建立规则以避免 DNA 加入过多,严格按照以下步骤进行:
①DNA 抽提的地方和 PCR 进行的地方及 PCR 之后走胶的地方应分开;
②所有试剂应以*小量分装以保证能恒定提供无污染的试剂;
③避免重复扩增(reamplification);
④贮存只用于 PCR 操作的吸量管、吸头、试管,经常用紫外线照射;
⑤连续进行 PCR 操作,应严格按以下步骤进行;
⑥在样品制备及 PCR 进行的全过程,应戴手套操作;
⑦应包括相应的对照反应,内对照、阳性对照、阴性对照及水溶液对照。
1. 用以下溶液对每个样品进行二次测定
仅用于样品:1 μl NTPs,1 μl Myco-5',1 μl Myco-3',1.5 μl 10× PCR 缓冲液,9.5 μl 蒸馏水。
用于样品和内对照 DNA:1 μl NTPs,1 μl Myco-5',1 μl Myco-3',1.5 μl 10× PCR 缓冲液,8.5 μl 蒸馏水,1 μl 内对照 DNA,事先混合后贮存多份样品,三个样品用于无内对照反应(包括阳性、阴性及水溶液反应),两个样品用于有内对照反应,包括阳性、阴性对照,体积要富余一些以弥补吸取过程的损失。
2. 将 14 μl 已混合好各种贮备液加入到 0.2 ml PCR 反应管,加入 1 μl 蒸馏水用作水对照反应。
3. 制备多聚酶混合液(每个反应 10 μl,再加额外 10 μl,以保证吸取足够量)。每个反应中含有 1 份 PCR 缓冲液和 1 单位 Taq 多聚酶。
4. 移去所有用于制备事先混合贮备液的试剂。
5. 取出欲测试 DNA 样品和阳性对照 DNA ,不要同时处理试剂和样品。
6. 加 1 μl DNA 制备液至一个不包含内对照 DNA 反应管内,另加 1 μl DNA 制备液至一个包含内对照 DNA 反应管内。
7. 进行热启动 PCR,将反应混合物(未加多聚酶)转移至加热反应器中,依照下面步骤进行一个加热周期;
*步:95°C,7 min;
第二步:72°C,3 min;
第三步:65°C,2 min;
第四步:72°C,5 min 。
在第二步时,打开加热器盖子,加入 10 μl 多聚酶混合液至每个管内,如有许多样品则操作时间可能延长。打开或关闭反应管应分开进行,以避免样品的挥发。在继续进行下个周期步骤前,在加入 Taq 多聚酶至*一个反应管和关闭加热器盖前至少应有 30 s 以平衡温度以及移去盖上冷凝物。
8. 在开始笫一个周期后,按照以下参数进行 32 个加热周期:
笫一步:95°C,4 s;
笫二步:65°C,8S;
笫三步:72°C,16s;
每个周期再另外延 1 s 。
9. 72°C,10 min 完成*的扩增步骤,结束反应,然后将样品冷却至室温。
10. 制备一个含有 0.3 μl 溴化乙啶 /ml 的 1.3% 琼脂糖-TAE 胶,胶上用 1×TAE (50× TAE(Tris 醋酸 EDTA): 2 mol/L Tris 基液,5.71% 冰醋酸(V / V),100 mmol/L EDTA,调节 pH 至 8. 5)覆盖,每孔加入 12 μl 扩增产物(10 μl 反应混合物,2 μl 6× 加样缓冲液(6× 加样缓冲液:0.09% (W / V),溴酚蓝,0.09% (W / V)二甲苯蓝FF,60 % 甘油(V / V ),60 mmol/L EDTA)),10 V/cm 开始电泳。
11. 紫外线扫描显示特异产物,记录扩增结果。