有些微生物当遇到冷冻或干燥等处理时，会很快死亡，因此在这种情况下，只能求助于传代培养保存法。传代培养就是要定期地进行ATCC菌种转接、培养后再保存，它是基本的微生物保存法，例如酸奶等常用菌种的保存。
传代保存时，培养基的浓度不宜过高，营养成分不宜过于丰富，尤其是碳水化合物的浓度应在可能的范围内尽量降低。培养温度通常以稍低于适生长温度为好。若为产酸ATCC菌种，则应在培养基中添加少量碳酸钙。
一般地，大多数菌种的保藏温度以5℃为好，像厌氧菌、霍乱弧菌及部分病原真菌等微生物菌种则可以使用37℃进行保存，而蕈类等大型食用菌的ATCC菌种则可以室温直接保存。
传代培养保存法虽然简便，但其缺点也很明显，如：
① ATCC菌种管棉塞经常容易发霉；
② 菌株的遗传性状容易发生变异；
③ 反复传代时，菌株的病原性、形成生理活性物质的能力以及形成孢子的能力等均有降低；
④ 需要定期转种，工作量大；
⑤ 杂菌的污染机会较多。
