高效液相色谱法在中药质量控制检测中的应用主要表现在如下几个方面：
1 指纹图谱。
中药指纹图谱是指某些中药材或中药制剂经适当处理后，采用一定的分析手段，得到能够标示其化学特征的色谱图或光谱图。中药指纹图谱是一种综合的，可量化的鉴定手段，它是建立在中药化学成分系统研究的基础上，主要用于评价中药材以及中药制剂半成品质量的真实性、优良性和稳定性。从系统性和整体性的角度出发，以宏观定性、定量分析密切结合来完成中药指纹图谱的评价方法，是一种控制中药质量的新技术。而且，指纹图谱能够为进一步研究中药作用机制奠定化学基础。中药指纹图谱一般是以ＨＰＬＣ指纹图谱为基本的方案，建立方法对药材或制剂进行质量控制。
2 含量测定。
中药材及中成药的成分十分复杂，其有效成分不一，对不同药物，其活性成分可能是单一的，也可能有多种成分共同作用，这就对控制药品质量提出了较高的要求。传统的薄层色谱分析方法在精密度，准确度和重现性方面都不能满足中药现代化的需求。高效液相色谱法以其建立含量测定方法简便易行、结果准确可靠、重现性好、便于对各类药物进行质量控制等众多优点，逐渐成为中药材及各类制剂含量测定的方法。
3 杂质检查。
中药材及其各类制剂在临床应用时具有一定的局限性。如农药残留、重金属含量等一系列问题均可影响中药现代化的发展。因此，中药杂质检查，也成为近年来学者研究的热点。
近年来，随着高效液相色谱技术的发展，采用高效色谱柱、高压泵和高灵敏度的检测器、柱前衍生化技术及在线分析等，使液相色谱仪已成为杂质检查不可缺少的重要检测仪器。在测定农药残留方面，也有学者采用ＨＰＬＣ测定，其结果准确可靠。
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