虽然用ELISA等技术检测旋毛虫病具灵敏和特异的特点，但多数是用抗原检测抗体，然而有时抗体的存在与否并不是和肌幼虫的出现与否相一致。分子生物学检验是应用分子生物学技术检测旋毛虫幼虫的DNA，在被检样品中只要含有一条旋毛虫幼虫即可被检出，是目前为敏感的方法，尤其是对于肉样中抗体阴性和旋毛虫幼虫含量非常低时具有重要价值。:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" />
Uparanukraw等(1997)应用多聚酶链反应(PCR)在小鼠试验感染旋毛虫后5～14天，在其血液中扩增出了移行期幼虫的DNA。
Poziot等(1999)应用随机扩增多态性DNA技术(RAPD)对75％酒精室温保存的源于家猪肌肉中的单个旋毛虫幼虫进行了DNA扩增，结果表明只要样本中的DNA未被损坏则RAPD的敏感性为100％，旋毛虫虫种和基因型鉴定的特异性可达88％，若在样本中另外添加l一4条幼虫，其特异性则达100％。虽然目前还未将分子生物学技术用于肉品中的旋毛虫检验，但这将是今后的研究方向。
