研究人员警告称，DNA的混合有可能带来危害严重的副作用。而评估这项技术安全性的组声称，他们描述的风险是微不足道的。这种治疗方法的目标是使用捐赠者卵子中的线粒体来替换母体有缺陷的线粒体。但是线粒体拥有自己的DNA，这就意味着婴儿将获得来自母亲、父亲和第二位女性线粒体的遗传信息。
科学家们提出，线粒体DNA与来自双亲的DNA或许会出现不匹配的问题，两者之间存在相互作用。他们对于果蝇的研究表明，细胞核和线粒体遗传信息的不匹配可能对生育、学和行为产生影响。
人类拥有多种线粒体和细胞核DNA，因此任何不匹配的影响都将是表面上的。纽卡斯尔大学的Doug Turnbull教授正在研发线粒体置换疗法，他说道：“我们初的目标就是这些技术的安全性，引发这些关注是完全合理的。线粒体和细胞核DNA的不匹配是一种潜在风险，但是我不认为它的风险程度如同他们描述的那样。”
人类受精与胚胎管理局召集组来检查线粒体置换的安全性和效果，他们认真考虑了细胞核和线粒体DNA之间的交互作用，并且得出结论并未有证据表明存在任何令人担忧的理由。正如医学的每一个领域一样，从研究进入临床实践是存在一定的不确定性程度。们应当确信进一步安全检测的结果是让人放心的，而且长期的追踪调查是非常重要的。即使这样病人们也需要认真考虑他们所要面临的风险和好处。
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